Người Negrito được cho là hậu duệ của những người định cư Australoid-Melanesia cổ xưa ở Đông Nam Á. Về di truyền thì gen của họ tương tự như hầu hết các quần thể lân cận.

Một số đặc điểm dường như cho thấy người Negrito và người Pygmy châu Phi (Negrillo) có một nguồn gốc chung. Không có dân tộc nào sống cô lập lâu dài như vậy.

Đặc điểm của người Negrito là tầm vóc nhỏ, da đen, lông tóc mịn, lông trên cơ thể rất ít, và thỉnh thoảng có chứng mông lắm mỡ (steatopygia). Một nghiên cứu năm 1973 nói rằng về hình thái sọ người Pygmoid Andaman liên hệ chặt chẽ với châu Phi hơn người châu Á. Tuy nhiên nghiên cứu di truyền lại cho thấy mối quan hệ gần gũi hơn với người châu Á. Nhiều nghiên cứu cũng cho thấy rằng người Negrito từ Đông Nam Á đến New Guinea chia sẻ một mối quan hệ gần gũi hơn với dạng sọ Australoid-Melanesia. Sự tương đồng dạng sọ gợi ý về một mức độ giao phối giữa người Negrito với người châu Á đến từ lục địa trong làn sóng di cư sau này.

Tuy nhiên giả thuyết này không được hỗ trợ bởi dữ liệu di truyền thể hiện mức độ cô lập mà dân Andaman đã trải qua. Một số nghiên cứu đã đề nghị mỗi nhóm này cần được xem xét một cách riêng biệt, vì rằng bằng chứng di truyền bác bỏ quan niệm rằng có tổ tiên chung giữa các Negrito của nhóm ở quần đảo Andaman, bán đảo Malay, và Philippines.[4]

Nghiên cứu của các nhóm máu và protein trong những năm 1950 cho rằng người Andaman có liên quan chặt chẽ hơn với người dân châu Đại dương hơn so với người châu Phi. Nghiên cứu di truyền trên Philippine Negrito, dựa trên enzyme máu đa hình và kháng nguyên, thì cho thấy chúng cũng tương tự như xung quanh các nước châu Á.

Các nghiên cứu di truyền cho thấy nhóm đơn bội mtDNA M tìm thấy ở người Onge tại quần đảo Andaman, như ở Đông Châu Phi, Đông Nam Á và Nam Á, cho thấy rằng người Negrito ít nhất cũng là hậu duệ của người phát tán từ miền đông châu Phi 60 Ka trước đây. Sự phát tán này được giả thuyết là đã đi theo con đường ven biển qua Ấn Độ và Đông Nam Á, và đôi khi nó được gọi là Great Coastal Migration. Các bằng chứng hóa thạch ở Philippines có tuổi 45 Ka, còn hóa thạch tại Úc là Mungo Man tuổi 40 Ka được cho là di cốt của tổ tiên của thổ dân Úc.

Phân tích mã hóa của mtDNA chỉ ra rằng những người Andaman thuộc về một nhóm con mtDNA M không được xác định trước đó, trong quần thể người ở châu Phi và châu Á. Phát hiện này cho thấy số di cư từ châu Phi đã có sự phân chia từ sớm.

Haplogroup C-M130 và Haplogroup O-2 tìm thấy ở người Negrito da sẫm màu như người Semang ở Malaysia và Negrito ở Philippines, và Haplogroup D-M174 được cho là đại diện cho Y-ADN trong phát tán.

Một nghiên cứu di truyền gần đây cho thấy rằng không giống như nhóm khác trong Malesia (tức Malayo-Indonesia), Negrito Andaman thiếu phần gen ADN Hominin Denisova[note 1]. Gen Denisova được tìm thấy trong các quần thể người Melanesia và Úc bản địa là 4-6% [5].